Durante la Primavera de las Naciones, no apoyó sus demandas, lo que le valió ser considerado un traidor y tuvo que huir de Roma disfrazado de simple sacerdote. Regresó en 1850 gracias a la ayuda de las tropas francesas. Además, su falta de apoyo a la idea de unificar Italia fue probablemente la razón por la cual más de 130 años después de estos hechos, ningún representante de las autoridades estatales italianas se presentó a su beatificación (3 de septiembre de 2000).

Pero lo que Pío IX sintiócómo su derrota, es decir perder el control de los Estados Pontificios, fue en realidad la fuente de su éxito. Para cuando esto ocurrió, ya había anunciado el dogma de la Inmaculada Concepción, convocado el Concilio Vaticano I y contribuido al desarrollo de las Iglesias locales, especialmente en América. Después de 1870, consciente de su fracaso político, con este hecho se convirtió aún más en un sucesor de San Pedro, y con su vida heroica marcó el comienzo de una nueva era de papas santos y benditos. Demostró que era posible gobernar la Iglesia sin tener tierra, ejército ni poder, aunque de manera temporal, lo que antes parecía imposible. Liberado de este lastre, dirigió todas sus fuerzas a fortalecer la vida interior del Cuerpo Místico de Cristo, la Iglesia.