La Segunda Guerra Mundial fue un periodo extremadamente difícil, tanto en la historia mundial como en la de la Congregación. La guerra afectó especialmente a las hermanas en Europa, aunque las que vivían en los EE. UU. también sufrieron las consecuencias económicas del conflicto. El precio más alto lo pagaron las 11 Hermanas Mártires de Nowogrodek, fusiladas por los alemanes el 1 de agosto de 1943.
Además de este sacrificio, muchas hermanas tuvieron que abandonar sus conventos y exiliarse, llegando incluso hasta Siberia. Veintinueve hermanas de la comunidad de Grodno fueron deportadas en 1941, y otras, como las hermanas de Kalisz, pasaron por el campo de trabajo de Bojanowo. Las hermanas de Vilna estuvieron en la prisión de Lukiškės. Tras la guerra, debido a los tratados de paz, la mayoría de las casas de la Congregación en los territorios orientales de la antigua Polonia quedaron dentro de las fronteras de la URSS y dejaron de funcionar. Sin embargo, la casa de Grodno continuó operando, y la hermana Małgorzata Banaś, guardiana de la tumba de las 11 Hermanas Mártires, sobrevivió en Nowogrodek durante la persecución comunista.
Las 11 Hermanas Mártires dieron su vida por las familias. Muchas hermanas vivieron el exilio y la persecución, llegando hasta Siberia. La hermana Małgorzata Banaś preservó el legado de las Mártires, sobreviviendo a la persecución comunista.
